Une salle de cours, un professeur, des élèves... et des coups de feu ! Les élèves de la classe 3-E du collège de Kunugigaoka sont des assassins en herbe, et leur professeur est leur cible à abattre !...

Nagisa laisse exploser sa colère face à Takaoka qui vient de détruire l'antidote devant ses yeux. Mais, en attaquant de front, le jeune garçon ne peut utiliser ses techniques d'assassinat et se retrouve vite dominé. La technique fatale que lui a enseignée Lovro pourra-t-elle renverser la situation ?...

Un deuxième nouvel élève arrive dans la classe E. Il semble beaucoup plus redoutable que Ritsu, mais quelles sont au juste ses surprenantes capacités de tueur ?! Le mystère de la naissance de M. Koro va petit à petit se dévoiler !!...

Alors que la classe E est en voyage scolaire à Kyoto, Kayano et Kanzaki se font kidnapper !! Grâce au guide conçu par M. Koro, Nagisa et les autres partent au secours de leurs deux camarades. Malgré les difficultés et les imprévus, les élèves réussiront-ils à assassiner M. Koro avant la fin du voyage ?...

La classe qui tue ! Les nouvelles tenues de sport de la classe E possèdent d'étonnantes facultés qui vont permettre aux élèves d'élargir leurs possibilités en matière d'assassinat. Mais une ombre inquiétante est en train de se rapprocher des élèves de la classe E... Le tueur "Shinigami" va er à l'action !!...

Pendant les vacances d'été, la classe E a été victime d'une attaque bioterroriste. Afin de récupérer l'antidote, les élèves non infectés décident de s'infiltrer dans l'hôtel où se trouve le criminel. Pourront-ils mettre en pratique leurs techniques d'assassinat face à des véritables tueurs ?!...